Em 2006, o São Paulo novamente movimentou a votação do Troféu Mesa Redonda com a maioria dos indicados. Um dos homenageados foi o atacante Alexandre Pato, que começava a despontar no cenário nacional. Ele recebeu o Troféu das mãos do astronauta brasileiro, Marcos Pontes. O craque Roberto Rivellino e o pugilista Popó também foram lembrados. O melhor jogador foi o volante Mineiro (São Paulo) e a revelação foi o goleiro Diego Cavalieri (Palmeiras).
Vencedores
Melhor Jogador
Mineiro
São Paulo
Prêmio Revelação
Diego Cavalieri
Palmeiras
Goleiro
Rogério Ceni (São Paulo)
Zagueiro Central
Fabiano Eller (Internacional)
Quarto Zagueiro
Miranda (São Paulo)
Lateral Direito
Souza (São Paulo)
Lateral-Esquerdo
Júnior (São Paulo)
Primeiro Volante
Mineiro (São Paulo)
Segundo Volante
Lucas (Grêmio)
Meia Armador
Zé Roberto (Santos)
Meia Atacante
Morais (Vasco)
Primeiro Atacante
Fernandão (Internacional)
Segundo Atacante
Aloísio (São Paulo)
Técnico
Muricy Ramalho (São Paulo)